Het onderzoeksterrein van de Jeroen Bakkersgroep is het brede bereik van aangeboren en verworven ziekten bij de mens die geassocieerd worden met pathologische aandoeningen bij de vorming van het hart. Om de complexe genetica van aangeboren hartafwijkingen te begrijpen bestudeert de groep de ontwikkeling van het hart in het zebravismodel. De groep gebruikt forward en reverse genitics om nieuwe genen die nodig zijn voor de normale ontwikkeling van het hart te identificeren. Vervolgens wordt deze informatie gebruikt om patiënten met aangeboren hartafwijkingen beter te kunnen screenen op genetische variaties en is er daardoor een beter inzicht in het ziektebeeld.